А нет, правильно пишет. Просто после перекодирования файл в 8 раз меньше стал. И VLC его не мотает. Ругается так
avformat warning: DEMUX_SET_POSITION: 1144488717827
main error: Timestamp conversion failed for 4299001: no reference clock
main error: Could not convert timestamp 0 for FFmpeg
Остальные плеера мотают.
ffmpeg -i input.mkv -filter_complex "[0:v][0:s:<x>]overlay[v]" -map "[v]" -map 0:a:<y> output.mkv
где
<x> - порядковый номер дорожки с субтитрами, которую прибить
<y> - порядковый номер аудио дорожки
Нумерация начинается с нуля. Посмотреть порядок дорожек - mkvtoolnix.