по-моему, там есть режимы и с полным автоматическим форматированием (смотря какой режим выберешь).
Вы путаете создание бэкапа и восстановление из бекапа.
При восстановлении из бэкапа, если был создан бэкап целого диска, со всей разметкой разделов и загрузочным сектором, то при восстановлении диск будет отформатирован и разбит с учётом такой разметки.
При создании бэкапа файлы просто архивируются и копируются в примонтированный каталог внешнего диска. Зачем его форматировать? Главное, чтобы файловая система диска была известна клонезилле.