А что это
А как будешь свою систему с флешки запускать?
для чего он?
Если считаешь, что не нужен, то можно установить без загрузчика.
куда его можно поставить
В принципе, можно на любой диск-раздел.
Если установишь на флешку, то сможешь с этой флешки запускаь систему на другом компьютере.
Если на жесткий диск, то сможешь запускать только на этом компьютере.
А вообще...
1. Хочешь загружаться с этой флешки только на этом компьютере или и на других тоже?
2. Нужна загрузка только в одном режиме или в обоих (легаси и ЕФИ)?
3. Если есть еще и Windows, то подумать о ней.
И по каждому вопросу можно спорить до хрипоты.