Ну, значит, вам установленная программа что-то поломала.
Как вариант, могу вам предложить переустановить Unity, а потом снова настроить оформление под себя. Сам не пробовал, но если хотите - можете рискнуть.
sudo apt-get install --reinstall ubuntu-desktop
Это не только переустановка Unity, а переустановка всего рабочего окружения, поэтому могут вернуться в систему некоторые программы (если вы их удаляли) и, возможно (но здесь я не уверен), пересоздадутся папки с настройками Unity в домашней директории.