А в среднем от какого размера идти?
Попингуйте этой командой:
ping -c 4 -M do -s ХХХХ ya.ru
где ХХХХ подбирайте, начиная с 1500. Если пинг будет ругаться типа "Frag needed and DF set", значит уменьшайте значение и пингуйте снова, пока пинг не будет проходить без ошибок (чтобы быстрее найти нужное значение, идите "вилкой" 1500 - 1400 - 1300, если 1300 норм пробуйте 1350, если проходит - 1375 и так подбирайтесь к максимальному значению). Когда вычислите максимальное значение ХХХХ без ошибок, прибавляйте к нему 28 и получите оптимальное MTU, которое пропишете в нетворкменеджере. Если сидите на роутере, то, скорее всего, максимальное ХХХХ у вас будет 1372, а MTU=1372+28=1400
Но по своему опыту мучений с atheros могу сказать, что дело может быть не в MTU, а в ядре. С каждым новым ядром все хуже и хуже, поэтому я сижу на 2.6.32 (но не в Ubuntu, а на Арче).