Конвертировать не получается.
Из man fuseiso:
It also supports non-standard images, like CloneCD’s .IMGs and Alcohol
120%’s .MDFs, as their format looks exactly like .BIN images. One major
limitation of .BIN images is that fuseiso does not handle .CUE files in
any way, and thus can work with only the first track of .BIN images.
Other formats like .CCD and .MDS are not supported, since their format
is not public and no one knows it.
Ман разделяет понятия mdf и mds. Я так понимаю mdf=mdf, а mds=mdf+mds. У меня случай с двумя файлами, его не берёт ни fuseiso, ни mdf2iso.
Полагаю, ситуацию можно исправить лишь проведением разъяснительной работы среди создающего образ.
Хотя Alcohol120% создаёт и mds тоже, но поддержка алкоголевских образов есть...