Если ставится из репозитория то автоматом прописывается конфиг с алиасом в /etc/apache2/phpmyadmin.conf (ссылка на /etc/phpmyadmin/apache.conf). Если этой ссылки нет, то стоит перенастроить пакет: sudo dpkg-reconfigure phpmyadmin отметив, чтоб сконфигурировался под апач.