Решил так: скачал rutorrent3.2, скачал все плагины, и все это поставил. Подключился к rutorrent - все работает. После этого не нужные плагины удалил(пробовал плагины добавлять по одному, но тогда проблема так же с _getdir , пока не удалишь все плагины и не подключишься к rutorrent поновой).
В итоге хоть проблема и решена, но похоже это на танцы с бубном.
Вчера натолкнулся на эту же проблему, ваше решение мне не помогло полез разбираться внутрь php, в итоге выяснил:
_getdir все равно какие права на папках, главное кто владелец, владельцем рутовой папки для _getdir должен быть то же юзер который прописан в скрипте запуска rTorrent.
Мало того, если у любой папки внутри поменять владельца то _getdir её не увидит, возможно это можно для чего то использовать.
Я сделал # chown userName pathToTorrentDirrectory где:
userName - имя пользователя,
pathToTorrentDirrectory - рутовая папка с которой начинает обзор _getdir.
У меня это решило проблему полностью.
P.S.: У меня Debian, но на дэбиановских форумах я не нашел темы по этой проблеме, решил написать сюда, так как эта тема натолкнула меня на возможное решение.