Такое впечатление что они несколько раз с нуля начинали
На самом деле очень близко к истине. Переделывали много чего, как пример, от тех же .click пакетов отказались, переводят все на .snap. Насколько я знаю, главная загвоздка была в прослойке Xmir. И, похоже, до сих пор ею и является)
а также одна из основных головных болей - изолированные контейнеры для каждого приложения (в том числе X.org приложений) и реализация взаимодействия между ними. На данный момент, к примеру, занимаются возможностью переносить и копировать данные из одного X.org приложения в другое. Это не просто как раз из-за того что каждое приложение работает в своей песочнице и для каждого X.org приложения запускаются свои иксы.
Как следствие в убунте невозможно нельзя к примеру вызвать окно настройки
Ага, во-первых Unity и Gnome уже давно пошли разными путями, а Unity 7 уже поддерживают по остаточному принципу.
Если бы они поставили свой файловый менеджер
в Unity 8 он уже свой