достаточно много лет сижу на Ubuntu MATE, и как-то не случалось так чтоб обе панели сразу удалить...
... нет, ну когда только знакомился с этим DE, бывало "наконфигурируешь" так, что панель не реагирует ни на какие клики мышки, тогда выручало либо действительно mate-panel --reset, как уже
БТР предложил, либо запускаешь mate-tweak и выбираешь что-то из заранее настроенного