Полезнее было бы etc/X11/xorg.conf выложить
попробуйте добавить в секцию Monitor строчки
# 640x480 @ 75.00 Hz (GTF) hsync: 37.65 kHz; pclk: 30.72 MHz
Modeline "640x480_75.00" 30.72 640 664 728 816 480 481 484 502 -HSync +Vsync
А в секции Screen в строку Modes первым параметром вставить "640x480_75.00"
З.Ы.Это вывод результата команды
$ gtf 640 480 75
если получится поиграйте с парметрами
З.З.Ы. Надеюсь Вы понимаете, что при DefaultDeph 24 бита - 640х480 это теоеретический максимум, что выжать можно из 1Мб видеокарты, при 16 битах это будет 800х600, a при 8 битах 1152х864 (но тут способности карточки может не хватить и скорее не получится даже 1024х768 на минимальной частоте