Как я понял, fogger'ом или не пользуются, или не знают как решать проблемы связанные с ним. Кстати, на другом компьютере та же самая проблема с дыркой в верхней части окна. Правда, без тотальной загрузки процессоров.
Если кому пригодится, могу поделиться решением проблемы.
Выполняем операциюsudo apt-get purge fogger && sudo add-apt-repository remove ppa:loneowais/fogger
и забываем навсегда о fogger'е (или по крайней мере до слудующего релиза Ubuntu)
Далее выполняем sudo apt-get install chromium-browser
Этот браузер позволяет делать "веб" приложения - а по сути отдельные окна браузера без элементов управления. Просто окно и контент, что, собсно, нам и нужно.
Запускаем браузер, заходим на нужный нам сайт и File->Create Application Shortcuts. В появившемся окошечке ставим галку напротив пункта Applications menu, а напротив Desktop галку снимаем. Заходим в папку ~/.local/share/applications, находим нужный ярлык и перетаскиваем его в окно текстового редактора, где редактируем строчку Icon, в которой указываем путь к картинке, которую хотим поставить на ярлык.
То же самое можно сделать при помощи nano и терминала. Так даже проще и лаконичнее получится.
Выполняем Alt+F2 с командой unity --replace (если ярлык у нас на панели) и аллес гут!
Из преимуществ данного способа - использование cookies и паролей браузера, хотя кому как. Пользователям Firefox'a может не понравиться этот способ тем, что ссылки с target="blank" будут открываться не в православном Лисе, а в богомерзком Хроме =)
Всем удачи!