Из личного опыта
Решил обновить систему на рабочем ПК с 10.04 до 12.04 с CD, предварительно скачав и записав на болванку образ Ubuntu 12.04, выбрав при установке пункт "Обновить". ИМХО, проще установить с нуля, потому что полностью были удалены почти все ранее установленные программы. В том числе Samba, Apache, Mysql, PHP, Gimp. Короче почти весь установленный мной софт. Из установленных ранее остался только OpenOffice, плюс параллельно ему установился LibreOffice, и несколько системных программ. Настройки оформления и скринлеты были также удалены. Кстати, в конце установки установщик выдал сообщение, что не все ранее установленные пакеты были восстановлены, но чтобы настолько. Пока откатил назад, благо, перед экспериментом сделал бэкап ситсемы и хомяка.
Аналогичную процедуру решил произвести на домашнем компе, на котором у меня стоит Ubuntu 11.04. Результат тот же, пришлось восстанавливаться из бэкапа.
На рабочем ПК с 10.04 менеджер обновлений даже не предлагает обновиться до 12.04, хотя в настройках стоит "Релизы с долговременной поддержкой". Когда выбрал пункт "Все релизы", он предложил мне обновиться до 10.10. Нафига мне это надо, все версии, что выходили с 10.04 до 12.04 поочерёдно перебирать.
На винде никто не предлагает обновиться с ХР до "семёрки", только чистая установка. Поэтому и новую версию Ubuntu лучше ставить с нуля и заново настраивать систему. Недельку потанцую с бубном, и почти без проблем до следующего LTS релиза.