Понимаю.
Добавлю ещё к первому сообщению. Протестировал файлы изменённые в Wine, открыв их под Windows, и обнаружил что EMF все на месте, я даже смог вставить под Wine 1 новый EMF. То есть под Wine они почему-то не могут правильно отобразиться. Структурно они работоспособны - я "вслепую" могу вставлять новые ЕМФ.
Моё резюме: в целом Wine обеспечивает работу MSO под Linux. Остались только эти ЕМФ, но от них можно отказаться, хотя и потребуется значительная переработка моих файлов.