В smb.conf в секцию [global] добавь строку
include = /etc/samba/%M.conf
Здесь %M - имя клиентской машины (смотри "man smb.conf", возможно я неправильно понял твоё "доступ по логину винды")
И в папке /etc/samba/ создавай конфиги для каждого %M, например: vasia.conf с настройками дополнительных шар. Теперь, когда vasia подключается к самбе, для него сначала применяются настройки из smb.conf, затем из vasia.conf.