Ну так в 16.04 не init.d, а system.d, потому и не должно там ничего создаваться
проверить или есть скрипт автозапуска можно так
sudo systemctl status shorewall.service
или так
ls /lib/systemd/system | grep shorewall
Включить и запустить
sudo systemctl enable shorewall.service
sudo systemctl start shorewall.service
Выключить и отключить
sudo systemctl stop shorewall.service
sudo systemctl disable shorewall.service