баг файловой системы или что может занимать место.

[andytux]

А как вам такое объяснение, отчасти вопрос самому себе.
Немного упрощу-конкретизирую ситуацию, может проще будет разлядеть истину.
Имеем рабочую систему у которой 1гиг свободной памяти.
Вчера мы делаем бэкап раздела, на котором 100 мегабайт свободно.
Система создает файл 100мб заполненый нулями и пишет его на сохраняемый раздел.
Но система умная, и где-то  своих кешах сохраняет его копию, отъедая 100 мб от 1гб.
Но это мелочи, мы можем даже и не заметить.
Сегодня мы делаем бекап раздела, на котором свободно 1гб, и ой-ей, съела все свободное место.
Это нас забеспокоило.
Завтра мы делаем бекап раздела, на котором своблдно 2гб?..

[wajnon]

это не баг, а фича. Когда файл удаляется, место занятое им не освобождается если какие-либо процессы ещё не закрыли файл, то они могут удерживать доступ к нему, а файл будет окончательно удален только после того, как будет закрыто последнее обращение к нему. Это относится и к исполняемым копиям, которые удерживаются открытыми процессами, их выполняющими. Википедия.