Была такая же проблема. на ноуте стоит Ubuntu, четыре офиса с серваками в каждом свой прокси адрес, настроил на один из них, перед этим много мучился пока получилось , настраивал и через .bashrc и через apt.conf и через proxy. на остпвлял кучу пробных файлов переименовывая их , путем добавления цифр.
Потом дома попытался установить прогу апт стал просить прокси, я в эих фалх все закомментировал - так же , удалил строчки-так же ....!
исправилось только тогда когда я перенес все версии файлов с цифрами в другую папку. апт_у видимо все равно как файл называется если он лежит в каталоге его настроек и в нем содержится корректная команда то он ее исполняет