Надо было корень форматировать, а хом просто примонтировать, я так делаю и проблем нет. Теперь выхода 2: править/etc/shadow
и /etc/passwd
из терминала под root или из live cd, или создавать нового пользователя и в него все копировать, затем переименовать его в старого. Но я бы переставился, ибо много лишнего сейчас после двух систем на корне.