5,4G маловато под корень, у меня даже на виртуалке 7G. Возможно, Вам ПМ написал, что после обновления объем занятого пространства увеличится на 13,9Мб, но при обновлении сначала ставятся новые пакеты и лишь потом удаляются старые. Ну и временные файлы тоже иногда создаются при установке. Увеличьте корневой раздел или GUI полегче поставьте, а то постоянно будет эта проблема у Вас. Ну и пакетный кэш регулярно чистить надобно с таким то маленьким корнем.