во время бекапа я вроде как заметил архивацию Skype, Chromium и Telegram, их не было в стандартной комплектации, я их сам установил.
Главное не кто установил, а куда установил.
Основные места куда устанавливаются приложения: /usr, /opt, /home, /snap, /var (имею ввиду снапы).
Timeshift (бекап системы) + Déjà Dup Backup Tool (бекап Home ) по идее должно хватить для моих нужд.
Поясню на пальцах. Вот ты установил все эти бэкаперы, сохранил каталоги. Перезагружаешься и ...система не загружается. Чтобы добраться до бэкапа, нужна соответствующая программа, а чтобы запустить программу сначала нужно запустить систему.