БТР, Спасибо! После перемещения этого файла в другое место и запуска update-manager выбор появился. Также появился и новый файл с таким содержанием.
a@comp:~$ sudo mv /etc/apt/apt.conf.d/10periodic ~/
a@comp:~$ cat /etc/apt/apt.conf.d/10periodic
APT::Periodic::Update-Package-Lists "14";
a@comp:~$ ls
Получается в нем нужно было удалить все строки кроме первой.