Осмелюсь предположить что шрифты слетают при монтировании диска NTFS.
sudo aptitude install msttcorefonts
установка шрифтов microsoft
В иксах за настройку растеризации шрифтов отвечает библиотека Fontconfig, конфигурирование которой осуществляется посредством редактирования файла /etc/fonts/fonts.conf. Это XML-файл, поэтому, думаю, разобраться с его структурой не составит большого труда.
Тут перед нами открываются довольно широкие возможности. Чтобы не быть голословным, приведу пару примеров:
<!--
Включим сглаживание для жирных букв шрифтов семейства sans-serif
-->
<match target="pattern">
<test qual="any" name="family">
<string>sans-serif</string>
</test>
<test qual="any" name="weight" compare="more">
<const>regular</const>
</test>
<edit name="antialias" mode="assign">
<bool>true</bool>
</edit>
<edit name="hinting" mode="assign">
<bool>true</bool>
</edit>
<edit name="hintstyle" mode="assign">
<const>hintfull</const>
</edit>
</match>
<!--
Включим сглаживание для всех шрифтов при размере >= 22 пикселей
-->
<match target="pattern">
<test qual="any" name="pixelsize" compare="more_eq">
<double>22</double>
</test>
<edit name="antialias" mode="assign">
<bool>true</bool>
</edit>
</match>