Я могу открыть их если в контекстном меню выберу "открыть в другом приложении"
проверяйте: что за приложение задано у Вас по-умолчанию для открытия каталогов/папок. Если не файловый менеджер - то исправляйте это и проблема Вас покинет. Поскольку Вы приводите сразу два разных файловых менеджера, и ни разу не упоминаете версию системы, а также не уверены стояла ли у Вас Unity - я не имею никакой возможности конкретизировать направление Ваших поисков: я решительно не понимаю что за дистрибутив у Вас установлен, какое DE используется, и откуда,
черт побери, у Вас два файловых менеджера? ))
Пользователь добавил сообщение 22 Сентября 2018, 00:51:42:
На всякий случай, если Вам все же станет интересно: вот как можно понять что за система у Вас установлена, - открываете терминал (Ctrl+Alt+T), и вводите такие команды:
echo $XDG_CURRENT_DESKTOP #это - какое у Вас DE
cat /etc/issue.net #это - версия системы
dpkg -s caja | grep Status #так можно проверить установлен ли у Вас caja
dpkg -s nautilus | grep Status #а так можно проверить установлен ли у Вас Nautilus
И терминал Вам все расскажет. Он вообще знает всё.
А вот так можно из терминала посмотреть, по сути, с каким приложением ассоциирован такой тип файла, как директория:
xdg-mime query default inode/directory
А вот так - каким приложением открывается по-умолчанию в Вашей системе .desktop-файл:
xdg-mime query default application/x-desktop
Поскольку по контексту не понятно что именно Вы открываете - проверяйте обе команды. Не сможете разобраться сами - покажите выводы
всех команд из данного сообщения здесь (просто текст скопируйте из терминала и вставьте в тело сообщения на форум).