wajnon,
1. Потому что домашнюю папку основного пользователя ты будешь шифровать, файлы в этой папке не должны использоваться.
2. Видимо для того, чтобы проверить, что с указанным паролем ты можешь войти в систему и записать пароль для восстановления данных. В случае каких либо проблем, ты сможешь восстановить файлы из бекапа, который будет стерт при перезагрузки и останутся только шифрованные данные.
Своп шифровать только если тебя есть кому проверять, если просто спрятать файлы от другого пользователя ПК, то хватит просто шифрования хомяка. И имей в виду, что шифрование несколько снижает отзывчивость системы, тем заметнее, чем слабее процессор.