Прозрачность панелей устанавливается настройками самих панелей. Здесь ccsm не нужен
Compiz позволит настроить прозрачность для всего остального, но для начала, нужно переключиться на него. Это в Mate Tweak.
Для диалогов, менюшек нужно выбрать в ccsm - opacity, brightness, saturation (прозрачность, яркость, насыщенность) и добавить следующие пункты:
type=Dialog
type=Menu | PopupMenu | DropdowMenu | ModalDialog
Для окон приложений способ такой:
name=приложение