Тема старая, но может кому пригодится, нашел ответ на англоязычном форуме. Суть в том что этот баг относится к разряду серьезных, и починен будет неизвестно когда.
Проявляется только при включенном компизе, и решается проблема с помощью изменнения в его настройках:
UTILITY -> WORKAROUNDS необходимо деактивировать <Legacy Fullscreen Support>
после чего окно по Ctrl + Alt + Enter корректно выходит из полноэкранного режима.