Я так понял, что мне достаточно заблокировать пакет vulkan-mesa
- следует блокировать, то что ты имелл ввиду написав это
Прилитело обновление Mesa 21.0.3 вместо 20.2.6
... если имелся ввиду "vulkan-mesa", то видимо блокировать нужно именно его
ЗЫЖ Следует отметить, что для того чтоб успешно заблокировать версию конкретного пакет используя команду apt-mark, нужно абсолютно точно указывать его имя, но вот пакета "vulkan-mesa" я в synaptic не увидел, зато увидел mesa-vulkan-drivers (Mesa Vulkan graphics drivers), наверное в твоем случае именно его и не следует обновлять...
Кстати сказать, с помощью synaptic, кроме многих других действий с пакетами, можно и версию любого пакета заблокировать.
Да и вообще, при выполнении разнообразных манипуляций с пакетами, synaptic выглядит предпочтительней, особенно на фоне неосознанного (чтоб не сказать, тупого) копирования команд в терминал, рекомендую его попробовать.