Я бы порекомендовал, если хочеться всё по возможности хорошё и красиво.
Если есть возможность конечно, то
1. Перенести данные с винта.
2. Форматнуть его полностью.
3. Тут уж как по желанию - основные, расширенные разделы, вы будете создавать и ставить систему. Зависит от ваших предпочтений и намерений. Я бы лично поставил систму на три основных. С разметкой диска из консоли fdiskом. С учётом того что Линукс - одна ОС на компе.
Если брать в расчёт Винду например, то тоже fdisk, с учётом допустим трёх основных в начале под оффтоп, и один расширенный с тремя логическим под Линукс в конце.
Но опять же, всё зависит от предпочтений и чего хототе.
fdisk - на самом деле это не стращно и нисколько не сложно.