Во-первых проверьте наличее симлинка на фаил конфига хоста в sites-enabled
а во вторых, ВНИМАНИЕ, для тех кто столкнулся с проблемой при миграции конфигов с более ранней версии. Расширение файлов конфигов должно быть .conf об этом нам говорит строка импорта конфигов в apache2.conf
# Include the virtual host configurations:
IncludeOptional sites-enabled/*.conf
Сам столкнулся с этой проблемой, первой ссылкой в гугле была эта тема, поэтому пишу сюда, может кому поможет.