Вот загрузчик Ubuntu когда будет "встраиваться", повлияет как-то на тот скрытый раздел или нет?
сам этот раздельчик никто трогать не будет, покуда ты сам не скажешь его трогать. просто от раздела с виндой откуси сколько надо, сделай там extended, а в нем рут, хом, свап и что там еще по вкусу. что касается загрузки - тут вполне может быть, что вместо стандартного ntldr (или bootmgr для свисты/семки) стоит что-нибудь фирменное. в любом случае, не помешает забэкапить мбр вот таким образом (с лайвцд убунты)
sudo dd if=/dev/sda of=/куда/кладем/образ bs=446 count=1
полученный образ кинь на флэшку или еще куда в укромное место, он еще может пригодиться. там же с лайвцд с помощью gparted уменьшай виндовый раздел и крои как описано выше. смело ставь. дальше будет видно. если там действительно какой-то хитрый загрузчик был, его можно будет запустить с помощью груба через полученный срез mbr. если нет - ntldr и так подцепится, а образ пушай хранится на случай алярма. вотъ