Само по себе журналирование ресурсоёмкая операция, поэтому никогда не делается полностью и может работать не всегда. Ext3, например, при стандартных опциях плюёт на сохранность самих данных, а защищает только структуру самой ФС (т.е обеспечиваем возможность успешного монтирования после выключения питания, но не обеспечиваем сохранность изменяемых данных). Плюс мало ли, что может случится (от сбоя оборудования, до недочётов самой ФС). Таким образом, вероятность повреждения ФС мала, но не равна 0. Чтобы не копились ошибки, диски нужно проверять время от времени, для этого и нужна проверка дисков. Если её отключить, то вероятность повреждения файловой системы соответственно будет расти. Я бы доверил этот вопрос разработчикам. Если они считают, что ФС нужно проверять, значит её нужно проверять.