М-м-м...
Тогда можно так:
wmctrl -l
id - это группа символов в первой колонке.
Кстати, для wmctrl не обязательно id. Любое слово в заголовке. Правда, в Вашем случае нужно, чтобы слова у окон отличались. Посмотрите вывод wmctrl -l и сами увидите, что отличается.