Да любые абсолютно, все зависит от конкретного случая, есть что-то характерное для всех (например часто глючит отображение win окон из-за компиза) так и что-то частное (например у нас 2 базы через инет обменивались данными и пришлось полностью переделывать реализацию этого обмена)... Кому-то нужно 5 окон 1С держать открытых (бывает и такое), а если делать через ssh то доступно максимум 4 инстанции вайна (дальше идут ошибки)... Камней может быть много...
ЗЫ - весь мой опыт 1С + wine основан на 1С7, про 8-ку вообще ничего полезного сказать не могу =)