Помогло. Спасибо огромное всем!
Для надёжности перецепил шлейф от системного винта с убунтой на Primary master, теперь он всегда sda, как бы я другие шнуры не переключал. Соответственно ещё раз изменил grub.cfg. После загрузки системы сделал sudo update-grub2.
Вот бы ещё от меню загрузки grub избавиться, надоело на него смотреть по 8 сек при каждой загрузке.