Ну через менеджер и из консоли - разницы никакой нету. Да и источники все в /etc/apt/sources.list лежат.
А вобще, правильно скаазно, смотрите в источниках, всё же подписано и думайте, надо вам оно или нет. Я бы посоветовал так: ПО Ubuntu - всё, кроме исходного кода; обновления - всё. И проверять минимум раз в неделю.