Спасибо, не знал.
Эксперименты на скорую руку для ubuntu 10.04 desktop дают такие результаты:
1. Консольные логины отклоняются, как и ожидалось
2. Вход через ssh отклоняется, что и ожидалось
3. Вход через sudo ssh через авторизацию по ключу проходит, что и ожидалось
4. Перезагрузка файл nologin удяляет, и логин проходит, что совершенно неожиданно.
Так что возникают некоторые вопросы:
для Ubuntu нужны какие-то дополнительные телодвижения, чтобы этот механизм работал?
может быть, нужно выставить доп. атрибут файлу nologin, сделав его более "неубиваемым" (что-то типа атрибута "i")?
Возможно, поможет задание пароля для root?