Аналогичная проблема. Audigy SE. Сначала не замечал даже, а вот сегодня обратил внимание. При завершении трека особенно заметно. Вырубается зараза она, причем моментально. И плеером с пустым треком не решить, реагирует на уровень сигнала. Я вот думаю, это особенность железа звуковухи (она такая типа умная и энергосберегающая), модуля драйвера alsa (тогда есть шанс пересобрать его "поправленным"), или ядра ОС (тогда может есть параметр, которым можно вырубить такое поведение, или вообще всё энергосбережение). Я даже готов в качестве эксперимента отрубить весь acpi, если это поможет.
Pulseaudio нет давно, системных звуков нет (использую lxde). Linux *** 3.0.0-21-generic #35-Ubuntu SMP, aplay: version 1.0.24.2.
-----------------------------
Обновился до 12.04.2, ядро 3.2.0-37-generic, не помогло

И при обновлении без спроса установился Pulseaudio, через него так же плохо играет.
Поставил jack, через него всё ок. Только вот незадача: он сам не стартует, монопольно забирает себе звуковуху, и flash браузерный я ума не приложу, как в него "заправить". А это онлайн-фильмы и сериалы, звук в которых и щелкает больше всего...
Попробовал подружить jack и pulseaudio - не получилось, звуковуху не делят.
Снес пульс, поставил OSS4. Не встала до конца, не смогла скомпилить ядерный модуль, что-то лежит в заголовках ядра не на своем месте. Забил, удалил oss.
Нашел советы гентушников по правке исходников модуля алсы ca0106. Буду копать в этом направлении...