Вот так вот и падает fat... Юзайте лучше журналируемые ФС....
ЗЫ. Не забывайте отмонтировать ФС перед вытаскиванием из компа, будто на винде или под Linuxом...
ЗЗЫ. Можно конечно прогнать через fsck.msdos, но есть вероятность сделать еще хуже. Если прогонять, то прежде слепок диска с помощью dd не помешает сделать...