Разобрался самостоятельно.
Компилятор JScript вызывется так: mjs
Дальнейшая работа с программой:
mjs [options] source-file
/about About the Mono JScript compiler
/lib:PATH1,PATH2 Adds the paths to the assembly link path
/nostdlib[+|-] Does not load core libraries
/out:<file> Specify name of binary output file
/pkg:P1[,Pn] References packages P1..Pn
/r[eference]:ASS Reference the specified assembly
Resources:
@file Read response file for more options