У меня обычный комп, не ноут, видеокарта АТИ 4670 АГП, вентилятор гудит все время не снижая оборотов (под виндой тише работает).
А еще вентилятор блока питания включается иногда на повышенные обороты. Сейчас нежарко, и такое обычно под виндой в играх происходит, а тут при просмотре видео в Ubuntu.
Вобщем есть подозрение, что видяха много электричества жрет в убунте. Комп разогнан и понижение частоты процессора не используется ни в винде ни в Ubuntu. Остается грешить на видяху. Надо будет дрова проприетарные атишные попробовать поставить.