Проблема решилась. Правда метод не для слабонервных.
Нужно снести пакеты gconf-2 и gconf2-common
При этом система предложит удалить около 800 Мб пакетов (половина убунты наверное).
После этого устанавливаем пакеты gdm, update-manager и ubuntu-desktop.
Как ни странно, после этого никаких косяков замечено не было, возможно еще появятся, но вот уже неделя прошла, полет нормальный.
Может быть есть более простой способ восстановить рухнувший gconf, но я такого не нарыл. Кто знает, подскажите.