По-моему, всё зависит от прав на папку на самом сервере... А какие права на папку сайта там... Если сайт в /var/www/<Ваш сайт>/, то что выдаёт:
ls -lFh /var/www/
?
Дело в том, что права у Apache и у Вас могут расходиться... Обычно у папок сайтов владельцы root:www-admin, и если Вы не в группе www-admin, то если код/команда исполняется не от Apache, а от Вашего имени, будет отказ в доступе.