По идее не должно. Doku берёт хеши непосредственно из БД SMF и сравнивает их по тому же алгоритму, что и сам SMF. Однако с достоверной точностью сказать ничего не могу - лучше бы конечно каким-нибудь образом подобрать пароль, который не работает, сообщить его мне и тогда я проверю - все известные мне пароли работают без проблем.