Не смогу дать детальную инструкцию, но практически уверен, что вам надо сбросить настройки compiz.
compiz - это такой жуткий демон поведения окон приложений с кучей настроек, галочек, и ползунков, и довольно часто он спотыкается сам об себя.
он, среди большой кучи другого барахла, ставится по умолчанию в систему при установке десктоп-версии. я не помню, как сбрасывать его настройки, так как давным-давно его не использую, но гугль, без сомнения, поможет.