Дело даже и не в конфигах, удаление не поможет решению данной проблемы.
Стоит ввести всего:
sudo apt-get purge skype
Ну и потом снова
sudo apt-get install skype
Для тех кто в танке первая команда удалит приложение вмести с конфигами (это не означает что они обезательно должны быть в домашней папке) и зависемостями в придачю, а вторая поставит снова скайп.