Господа владельцы дистров 12.10 и ранее - проверьте, ПОЖАЛУЙСТА, наличие такого поведения. Вот честное слово - негде мне сейчас самому проверить.
Делается в несколько кликов:
1) запускаем gedit, сворачиваем
2) переносим gedit.desktop из /usr/share/applications в любое другое место
3) пытаемся найти окно gedit (результат попытки - сюда)
4) возвращаем gedit.desktop на место
5) если окно "пропало" прибиваем процесс gedit
вместо gedit может быть любая другая программа