Такая же проблема, установил индикатор погоды (indicator-weather), в настройках выбираю город, нажимаю применить - ничего не происходит, такое чувство что оно вообще настройки сохранить не может...
P.S. Помогло удаление и установка из PPA, в репозитории видимо версия глючная