Блин, засада!
Тут выше предложили cat /etc/motd.tail В файле именно то, что в теме поста - сообщение о необновленных пакетах. Снес этот файл, переконнектился - все нормально, нет сообщения о необновленных пакетах, только стандартная заставка ubuntu - system information и т.д.
Тогда может, проясните, в чем тут суть. Какая прога при входе в систему выводит на консоль сообщение о состоянии пакетов? Я так понял, она добавляет его к основному сообщению, которое лежит в /var/run/motd.