Никаких костылей (тем более Geany не такой уж костыль) - не надо. Вообще не понимаю в чем проблема. Gedit - предлагает при сохранении нового файла в каком формате - по умолчанию Юникс, Виндоус надо специально выбирать. Если же скопировал откуда-то готовый, так "сохранить как".
Nano - почти аналогично. По умолчанию в Юникс, но можно выбрать ДОС или МАС.